Con motivo del litigio marítimo entre Perú y Chile en la Corte de La Haya, Álvaro Vargas Llosa emitió una carta abierta a Torre Tagle, que fue publicada en el diario La Tercera (15/12/12), en la cual, el marqués de Vargas Llosa (Real Carta de Sucesión 18/2/26), en donde se alinea a la posición de Chile contra el Perú.
Álvaro Vargas Llosa es columnista del diario La Tercera desde el 2002 hasta hoy. La Tercera le pertenece a la Corporación Copesa, que antaño tenía varios diarios, revista y radios, que en la última década, ha cerrado o vendido, incluso, hoy La Tercera solo vende su edición impresa en Santiago y Valparaíso. El principal accionista de Copesa desde 1993 es el empresario colombiano-chileno Álvaro Saieh, quien en los 90s fue miembro del directorio.
En la carta, Álvaro Vargas Llosa dijo que el Perú tenía muy pocas posibilidades ganar en la Corte de La Haya, una frontera marítima sobre su posición de la línea equidistante, por las Declaraciones de 1947 soberanía la marítima de 200 millas desde la costa, la Declaración de Santiago de 1952 y el Convenio sobre Zona Especial Fronteriza Marítima de 1954 para proteger los recursos pesqueros, y la jurisprudencia de la Corte en casos similares. La carta fue calificada de «desagradable» por el entonces canciller Rafael Roncagliolo.
Si bien, Álvaro Vargas Llosa dijo que se retractaría públicamente, si Perú ganaba en La Haya (18/12/12). «No solamente voy a retractarme, sino que voy a cotejar cada punto que di, cada argumento, y lo voy a demoler, no con mis argumentos, sino con los de La Haya. Es lo que dicta la honradez intelectual», dijo ayer Vargas Llosa frente al caso de que el tribunal falle a favor de Perú, pero nunca lo hizo.
Y pensar que el padre de Álvaro, el Premio Nobel Mario Vargas Llosa, exalumno del Colegio Militar Leoncio Prado, en la época que se gritaba: «Viva el Perú, muera Chile».
Álvaro Vargas Llosa es amigo del actual canciller peruano, Carlos Espá, pues ambos trabajaron juntos en el desaparecido diario La Prensa (1981-84).
Cuando Perú obtuvo un fallo favorable en La Haya (27/1/14), Álvaro Vargas Llosa dijo: «El tribunal encontró una fórmula mágica para darle al Perú un triunfo importante, sin perjudicar de modo significativo a Chile. Han encontrado una fórmula fascinante para dejar las relaciones en un nivel óptimo. Han evitado que alguna de las partes sienta un perjuicio que perjudicara a futuro una relación conjunta» (Buenos Días Perú 28/1/14).
Después de esto, ocurrió el caso de espionaje chileno con marinos peruanos en febrero de 2015, cuando el Gobierno de Ollanta Humala confirmó que tres suboficiales de la Marina de Guerra estaban siendo investigados por traición a la patria por entregar información militar sensible a agentes de la Armada de Chile. El hecho fue considerado grave por la Cancillería, pero no llegó a más.
